По Таскану лодка несколько раз садилась на мель, снять ее каждый раз стоило больших усилий. Выйдя на Колыму, лодка пошла веселее. На второй день пути на берегу Колымы увидели палатку Ю.А. Билибина, четыре отряда которого проработали здесь всю зиму и сейчас заканчивали геологические исследования. Осенью участники экспедиции Ю.А. Билибина должны были выбираться на Охотское побережье. С.В. Обручев доставил Ю.А. Билибину письма, написанные полгода назад в Ленинграда но это была первая почта, которую он получил.
Через два дня С.В. Обручев достиг реки Среднекан, где тогда находился центральный лагерь экспедиции Ю.А. Билибина, и поселения Сеймчан, состоявшего из двух десятков юрт. В Сеймчане на лодку поставили брезентовый верх и парус и, вопреки мнению местных жителей, что плавание по Колыме на таком судне очень опасно, двинулись дальше без проводника.

Только 31 мая караван вышел на север сначала по долине Индигирки, а затем через хребет Тас-Кыстабыт попали в бассейн реки Неры. С перевала были видны цепи хребта Черского. На реке Аян-Юрях С.В. Обручев отправил караван с К.А. Салищевым по хребтам к Колыме, а сам с переводчиком Говязиным и проводником Сивцовым решили плыть в складной байдарке с закрывающимся резиновым верхом. Весь груз сложили в утлую ’’ветку” Николая Сивцова. В этих местах не бывал еще ни один ученый, хотя уже с XVIII в. по Колыме плавали казаки.
До Колымы и знаменитых порогов было еще далеко, плыть по Аян-Юряху оказалось непросто. Вблизи устья Берелеха лодку залило до краев водой, однако путешественники успели пристать к берегу, вылить воду и продолжали плавание. Ниже Берелеха Аян-Юрях сливался с Кулой и начиналась собственно Колыма.

В Оймякон удалось добраться только 4 марта с обозом из десяти тощих лошадей и трех быков, который не смог дойти даже до Алдана. Для С.В. Обручева начались трудности наема оленей для дальнейшего продвижения. С помощью представителей советской власти оленей наняли у эвенов, и только в середине апреля экспедицйя продолжила путь. Дорога к Верхоянскому хребту шла по льду реки Хандыги, снег начал таять, поэтому почти все время пришлось идти по воде, точнее по мокрой снежной каше, в которой вязли олени и нарты. При приближении к Верхоянскому хребту все чаще стали встречаться весенние наледи. Ночью морозы достигали 40 градусов. Люди и животные выбивались из сил, и караван передвигался со скоростью 10—15 километров в сутки.

Члены экспедиции двигались по старинному пути: здесь в 1786 г. из Якутска в Верхнеколымск прошел знаменитый путешественник Гаврила Сарычев. На Колыме он построил суда и вышел на них в Северный Ледовитый океан для изучения его побережий. Несмотря на трудности пути в столь сильные морозы, караван экспедиции С.В. Обручева двигался быстро. До Крест-Хальджая добрались за семь дней. 20 декабря достигли Охотского тракта и из селения Татта С.В. Обручев отправил телеграммы о благополучном возвращении участников экспедиции. Экспедиция настолько затянулась, что ее участников уже считали погибшими. Вечером 24 декабря караван подъехал к Якутску. Здесь, на заседании Якутского отделения Географического общества, С.В. Обручев сделал первый доклад о результатах экспедиции. В начале января С.В. Обручев и другие участники экспедиции выехали из Якутска и через Алданские прииски добрались до железной дороги.

Все-таки это была дорога на юг, уводящая от наступавшей зимы, к тому же можно было забрать оставленные там коллекции и ослабевших лошадей, которых можно было выменять на оленей. 19 сентября было уже 10 градусов мороза, поэтому палатки приходилось ставить на мокром снегу. Конец сентября оказался солнечным и морозным. Лошади выбились из сил, поэтому С.В. Обручев решил оставить у устья Эльги, в 150 километрах от Оймякона, часть людей и груз, нанять оленей и перебросить оставшуюся группу в Оймякон. Из толстых лиственниц построили избу с печью. Наступили 30-градусные морозы, особенно трудно было КА. Салищеву, который по ночам вел астрономические наблюдения. В Оймякон с С.В. Обручевым поехали КА. Салищев и трое якутов. Они оставили на зимовье почти все продукты, которых должно было хватить на месяц. 15 октября С.В. Обручев выступил на Оймякон, и 24 октября отряд прибыл туда.

У эвенов купили маленькую ’’ветку” и взяли напрокат лодку побольше. 1 августа участники экспедиции разделились на две партии. В.А. Протопопов пошел через горы в Тюбелях. С.В. Обручев, К.А. Салищев и рабочий-якут решили плыть на двух ’’ветках”: С.В. Обручев в маленькой, К.А. Салищев с рабочим в большой. К последней для устойчивости привязали два бревна. На буксир взяли брезентовую лодку и погрузили в нее палатку, постели, продовольствие и астрономические инструменты.
Плавание по Индигирке принесло много неожиданного. Река оказалась быстрой. По карте Г. Майделя вокруг реки должна была находиться низменность, однако скоро стали попадаться скалистые утесы и это еще более повысило интерес С.В. Обручева к плаванию. Он приставал к утесам и производил геологические наблюдения.